schrodinger PyMOL 3.0.3 macOS
Los programas de visualización molecular se han convertido en herramientas extremadamente valiosas en muchos campos de la ciencia, incluyendo la química computacional y la biología estructural. Nos permiten visualizar y analizar la estructura de moléculas como proteínas, ácidos nucleicos y pequeñas moléculas orgánicas con un nivel de detalle y personalización que de otro modo sería imposible alcanzar en un laboratorio.
Hoy en día, usando una computadora es posible descargar miles de estructuras de proteínas de sitios web dedicados (por ejemplo, Protein Data Bank (PDB)) y usar programas para visualizarlas, rotar su estructura, hacer zoom en los átomos de interés, calcular distancias, todo en unos pocos pasos sencillos.
Estas herramientas pueden ayudarnos a comprender las relaciones entre la estructura y la función de las moléculas y pueden usarse para diseñar y optimizar fármacos, estudiar interacciones proteína-ligando y, en general, obtener una representación visual de las proteínas y sus principales características estructurales.
Algunos de los beneficios de usar software de visualización molecular incluyen la capacidad general de mejorar nuestra comprensión de la estructura 3D de las moléculas y, por lo tanto, identificar las características estructurales esenciales para el funcionamiento del sistema. Otro punto importante es la posibilidad de observar la evolución dinámica del sistema obtenida mediante simulaciones de Dinámica Molecular (MD). Por último, pueden ser útiles para generar imágenes y películas de alta calidad para tus publicaciones o presentaciones.
En este tutorial, cubriré los conceptos básicos de PyMOL, uno de los software de visualización molecular más famosos disponibles, para que puedas probar su funcionamiento general.
El diseño consta principalmente de tres componentes:
-Como su nombre indica, el área de visualización es donde se mostrarán y manipularán las moléculas una vez que las cargues en PyMOL. Por defecto, puedes rotar, hacer zoom y trasladar arrastrando con el ratón (botón izquierdo, botón derecho, rueda de desplazamiento respectivamente) o trackpad (botón izquierdo, botón derecho, Ctrl + clic).
Requisitos del sistema
Sistema operativo: macOS 12+ de 64 bits, incluyendo Apple Silicon (M1, M2) con Rosetta 2
CPU: procesador compatible x86_64
Memoria: 4 GB de memoria por núcleo
Espacio: 18 GB de espacio en disco para la instalación del software; 400-500 GB si también se instalan bases de datos (PDB, BLAST, etc.)
Tarjeta de red con una interfaz de red configurada
Color de 16 bits (para Maestro)
Página de inicio – https://pymol.org
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